האוניברסיטה העברית
האוניברסיטה העברית בירושלים היא המוסד האקדמי הוותיק והמוביל בישראל. האוניברסיטה, שמתפרשת על פני שישה קמפוסים, מציעה כ-5,000 קורסים לכ-20,000 סטודנטים. בקרב בוגרי וסגל האוניברסיטה נימנים 8 זוכי פרס נובל, 14 זוכי פרס וולף, זוכה פרס טיורינג, וזוכה מדליית פילדס.
מערכת היחסים בין שוקן לאוניברסיטה העברית החלה בשנת 1925, כשהוזמן לטקס הפתיחה החגיגי של המוסד שנערך על הר הצופים בירושלים. בשנת 1934 פנו חיים וייצמן ואלברט איינשטיין אל שוקן, וביקשו ממנו לקחת על עצמו את ניהול הוועד הפועל של האוניברסיטה, תפקיד שהיה למעשה מנכ״ל המוסד. בתקופה בה מרכזי מדע ותרבות יהודים באירופה הוכחדו בזה אחר זה, חש שוקן כי יד הגורל קוראת לו לבנות את “מוסד המדע היהודי החשוב בעולם”. הוא קיבל את המינוי, ונרתם אליו בהתלהבות.
כיו”ר הוועד הפועל של האוניברסיטה הצעירה היה שוקן אחראי על הפן הניהולי של המוסד. הוא גייס וניהל כספים, פיקח על צמיחתן המהירה של מחלקות האוניברסיטה, והשיק תוכנית התרחבות מקיפה של מוסדותיה השונים. כמו כן גייס את האדריכל המבריק ובן-חסותו אריך מנדלסון לעצב כמה מבנייני העוגן של הקמפוס, כולל המרכז הרפואי הדסה בהר הצופים. במקביל, נהנתה האוניברסיטה מן הפילנתרופיה של שוקן. בין המתנות יקרות הערך שהעניק למוסד היה אחד מאוצרותיו החשובים ביותר – כתב היד המקורי, בן 46 דפים, בו ניסח אלברט איינשטיין את עיקרי תורת היחסות הכללית.
רבים מנכדיו וניניו של שוקן הם בוגרי האוניברסיטה העברית. חלקם אף עבדו באוניברסיטה, הן בסגל המנהלי והן בסגל האקדמי. הקורס שמדורג במקום הראשון באתר קורסרה העולמי הופק באוניברסיטה העברית, ע״י הנכד פרופ׳ שמעון שוקן.