מכון שוקן לחקר השירה העברית
שוקן רכש את הקודקס (אסופת כתבי יד) שהתפרסם לימים תחת השם שוקן 37 בשנת 1928. האסופה התגלתה כאוצר ספרותי בלום, ובו למעלה מ- 3,000 יצירות שירה עברית מימי הביניים שרובן לא היו מוכרות עד כה. כדי לעבד את החומרים ולפרסמם כהלכה במהדורות מודרניות, הקים שוקן מכון מחקר ייעודי שיוקדש לשירה העברית מימי הביניים. למנהל המכון בחר בהיינריך (חיים) ברודי, רבהּ הראשי של פראג ומלומד בולט. ברודי, שהשתוקק לעבוד על כתבי היד, קיבל את ההצעה והעתיק את מקום מגוריו לברלין. יחד, גייסו השניים לפרויקט את מנחם זולאי ואת חיים (יפים) שירמן. לאלו הצטרף בהמשך אברהם מאיר הברמן, לימים הספרן הראשי של ספריית שוקן בירושלים.
מכון שוקן לחקר השירה העברית פתח את שעריו בברלין בשנת 1930. שוקן המשיך לרכוש עבור המכון כתבי יד והדפסים מקוריים של שירה עברית, וכן צילומים של חומרים שנשמרו בספריות באירופה וברחבי העולם. רבים מהצילומים הללו, שהוכנו לבקשת המכון על ידי ספריות בברלין, בפרנקפורט ובוורשה, הם כיום העדות היחידה לחומרים המקוריים שנעלמו או הושמדו במהלך מלחמת העולם השנייה. כשהעתיק שוקן את מרכז חייו לירושלים בשנת 1933, עברו יחד עימו גם כתבי היד, המכון, ואנשיו. מלומדים אלה הפכו לאנשי מפתח באקדמיה הישראלית, ולמובילים בעולם בחקר השירה העברית מימי הביניים.